Sok legenda szól az Iszik-köl tóról Kirgizisztánban. Néhány legendának  viszont valóságalapja van. Ez a Föld egyik legmélyebb tava (668 méter) a Tien-Shan hegységben.  Számos történelmi tény utal arra, hogy Dzsingisz kán temetését Ordos-ban rendezték meg, ahol az elhunyt uralkodó testét számtalan kincsével együtt titkos helyen helyezték el. A kincsvadászok és régészek mindenhol keresték ezt a sírt: Mongóliában, Kínában és Kazahsztánban. De a régi kirgizek biztosak abban, hogy a nagy hódító sírját az Iszik-köl vizei rejtik. Azt mondják, hogy  Chagatai kán apja testét az irányítása alatt álló Iszik-köl körüli földekre vitte, ahol elrendelte, hogy koporsót készítsenek egy nagyon erős fából - hegyi borókából-, amibe a nagy hódító maradványait helyezik el. Az ebből a  borókából készült tárgyakat a helyiek tal-nak hívják. A tal-ból szőtt kosarakból nem folyik ki a víz, nem nedvesednek át. A nagy vezér koporsóját és kincseit egy félreeső barlangban rejtették el, befalazták, majd vízzel árasztották el. Ahogy az várható volt, a temetés szinte minden résztvevőjét megölték a titok megőrzése érdekében. A fejükből halmot építettek a parton. 

Timur Lenk legalább háromszor tett látogatást a tónál - 1376-ban, 1389-ben és 1392-ben. Hosszú ideig és sikertelenül próbálta alárendelni a helyi törzseket, de minden próbálkozás ugyanúgy ért véget - amikor megjelentek a katonái, a törzsek elvándoroltak, majd amikor a katonák elhagyták az országot, a törzsek ismét visszatértek. Aztán Timur erődöt épített a tó egyik szigetén, ahol a pletykák szerint kincseit és értékes foglyait tartotta. Később ez a sziget víz alá került. Több helyen a tófenéken elárasztott középkori és kereszténység előtti épület található. A tudósok tizenkét elsüllyedt várost és települést számoltak össze. Az Iszik-köl vizei elrejtik a szkíták ősi fővárosát, Chigu-t. A víz áttetszősége lehetővé teszi, hogy számos ősi épületet láthassunk szabad szemmel nagyobb mélységekben is. A megtévesztő fénytörés jelensége miatt úgy tűnik, hogy nagyon közel vannak.  A világ legrégebbi fennmaradt érméiként azonosított tárgyakat a víz alatt találták meg. Találtak egy bronzüstöt is, amely azért különleges, mert elkészítése csak inert gázkörnyezet használatával érhető el napjainkban is. 

1218-ban egy nagyobb mongol hadtest, amelyet Dzsingisz kán egyik legjobb tábornoka, Jebe vezetett, betört a Chui-völgybe.  A Suyab ősi városából származó keresztény kolostor szerzetesei és a gazdag lakosok úgy döntöttek, hogy elmenekülnek a hódítóktól. Miután kétszáz  tevét raktak meg arannyal, ezüsttel és egyéb értéktárgyakkal, az Iszik-köl északi partja mentén Kashgar irányába haladtak. De a mongoloknak jó szimatuk volt mindig is, ha aranyról volt szó. Az egyik lovassági egységük elzárta az utat. A szökevényeket a nesztoriánus keresztények örmény kolostora közelében vették körül. Éjszaka a szerzetesek és a  szökevények elrejtették  a kincsek egy részét a tóparton. Másnap reggel a karavánokkal a hegyek felé mentek egy barlang irányába, amelybe az egyik  hegyi folyó belefolyt. A folyó vizét egy ideig elterelték, a megmaradt értékeket pedig a barlang aljára rejtették el, kőlapokkal borítva. A kincset elárasztották.  Az 1917-es orosz forradalom után egy pap tett látogatást a barlangnál. Volt egy térképe a tóról, ahol a kincs helyét megjelölték. Később, az 1920-as években ugyanazzal a térképpel  kutatók érkeztek. Megmutatták a térképet a helyi geológiai osztály vezetőinek, így még engedélyt is kaptak az ásatásokra. A barlangban, amelyet kereszttel jelöltek a térképen, találtak egy arany kalapácsot, ezt átadták a hatóságoknak. A további munkálatokat innentől kezdve nem engedélyezték a kutatóknak,  az információkat titkosították.

Egy másik titokzatos történet is kapcsolódik a nesztoriánus szerzetesekhez. Létezik egy katalán atlasz nevű térkép, amelyet középkori szerzők adtak ki 1375-ben. A tó közelében egy kolostor vázlatosan rajzolódik ki rajta. Katalán nyelven azt írja, hogy ez a hely "Issicul", amelynek partján az örmény testvérek kolostora található. Ebben Szent Máté, az apostol és az evangélista ereklyéi vannak. Nem világos, hogy honnan származik ez az információ a spanyoloktól. Mint tudjuk, Jézus mennybemenetele után tanítványai misszionáriusokként szétszóródtak különböző irányokba, a keresztény hitet terjesztették szerte a világon. Néhányan Rómába, mások nyugatra, Galliába és Britanniába mentek, Máté apostol pedig, akinek evangéliuma a legszélesebb körben olvasott és leghozzáférhetőbb volt, délre, az afrikai Etiópiába költözött. A legenda szerint Máté, aki etióp földön halt meg,  ezüst ereklyében elhelyezett teste eljutott az Iszik-köl menti örmény kolostorba.

A tó mélyén élő sárkányról szóló mesék mindig is léteztek, bár kevesen hittek bennük. De az elmúlt négy évtizedben még a kétkedők is elkezdték azt állítani, hogy viharos napokon  egy nagy ismeretlen valamit láttak a hullámokon. Az örmény Sevan-tóból származó pisztráng jól érezte magát a tóban. Aztán a hal mutálódott. Agresszív lett, megtizedelte a tóban őshonos hasonló halfajt,   a  chebak-ot. Emellett  nagyon nagy lett. A búvárok azt mondják, hogy két méteres szörnyekkel is  találkoztak a tóban. 

 A korai telepesek egy nagy  emberszerű fajról beszéltek, akik egykor a tavat körülvevő barlangokban éltek. Az 1930-as években egy paranormális kutató nagyon furcsa történetekre bukkant óriásokról és rejtett barlangokról ezen a területen. Ezért expedícióra indult, hogy kideríthesse ezt. Az egyik helyi férfi elmondta a kutatónak, hogy ő és barátai a tó északnyugati partján horgásztak, amikor megláttak egy barlangot. De ebbe a barlangba lehetetlen volt bejutni kötelek és csákányok nélkül. Ezért úgy döntöttek, hogy másnap visszatérnek oda. Amit másnap állítólag belül tapasztaltak, szinte hihetetlen volt. Ez az ember azt mondta, hogy ő és barátai három emberi csontvázat fedeztek fel,  ezek a csontvázak legalább három méter magasak voltak,  nagyon furcsa ezüst színű, denevér formájú amulettek voltak a csontvázak nyakán. A tudósok nem tudták meghatározni, hogy hány évesek a csontvázak, de a vizsgálat után elvitték azokat, soha többé  nem látta őket senki. 

Ezt hallva a  paranormális kutató elment a helyi levéltárba, hogy megnézze, talál-e ott történeteket ezekről az óriásokról. Meglepetésére egy másik beszámolóra bukkant, amely a 19. század elején történt. Három fiú búvárkodott a tóban, kagylót keresve, amikor felfedeztek egy nagyon távoli barlangot. A fiúk úgy döntöttek, hogy bemennek oda. Miközben feltérképezték, szembe találták magukat óriási, emberszerű lényekkel. Olyan gyorsan futottak, ahogy csak tudtak, vissza a városba, ott mindenkinek elmondták mi történt. De csak néhány ember hitt nekik. Ezek a történetek nagyon érdekesek, de kevés bizonyíték támasztja alá realitásukat.  Mégis, további hasonló esetek történtek később. Az 1980-as évek elején a tó lett a szovjetek által kijelölt helyszín, ahol tesztelhették torpedóikat, víz alatti rakétáikat és katonai búvárfelszereléseiket. Ezt a tavat használták a békaember néven ismert felderítő búvárok kiképzésére is. 1982-ben egy békaember kiképzési gyakorlat során a búvárok találkoztak  a víz alatt valamilyen lényekkel, amelyeket vízi humanoidoknak neveztek, legalább három méter magasak lehettek.  Szorosan testükre illeszkedő ezüstruhát viseltek, nagyon furcsa gömbök, talán sisakok voltak a fejükön .  A búvárok beszámoltak mindenről a parancsnokuknak. Az újabb, több fős csapatot küldött lemerülni a tóba. Ismét találkoztak ezekkel a lényekkel, de amikor megpróbáltak hálót húzni egyikük köré, az egész csapatot egy rendkívül erős, ismeretlen erő húzta ki a vízből. Szinte mindegyikük meghalt dekompresszió betegségben, vagyis a nyomásváltozás által okozott hirtelen változás miatt. Azok, akik túlélték, rokkanttá váltak. Abban az időben halászok voltak a tavon, ők látták, hogy a búvárok körülbelül 30-50 méterre repülnek ki a vízből. Azt hitték, hogy ez valamiféle gyakorlat, de nem értették, hogy a szovjet hadsereg miért teszi ezt a saját embereivel.