Héraklész  tizenegyedik munkája során legyőzi Kerberoszt, az Alvilág őrzőjét. Miközben Mükénébe vitte, szájából méreg csepegett a földre és mindenféle gazok nőttek ki, mint a bogáncs és a zsurló. Miután Eurüsztheusz király meglátta a kutyát, arra kérte mielőbb vigye vissza azt az Alvilágba. Az utolsó feladat lett a legnehezebb mind közül, mert ennek teljesítéséhez több próbát is kellet tennie. Héra terve ezzel az volt, hogy Zeuszt,  a férjét és a hős apját fia ellen fordítsa azáltal, hogy ő kiszabadítja Prométheusz titánt. Viszont nem merte nyíltan azt mondani, hogy ez lesz a feladata, ezért egy olyat eszelt ki, amelynek sikere azon is múlik, hogy ki tudja-e szabadítani Prométheuszt. A Heszperidák aranyalmái messze nyugaton vannak, ahonnan korábban Gerüón marháit terelte görög földekre és ahol a Nap végleg lebukik az óceánba. Ehhez viszont tudnia kellett az odavezető utat, amely nem volt egyszerű. Ezt csak Néreusz tudta a földön élők közül. Héraklésznek sokáig kellett várnia a tenger partján, amíg meglátta az öreg istent egyszer  előbújni a tengerből. Mivel nem akart segíteni neki, Héraklész szó nélkül a hátára ugrott és harcolt vele. De az öreg erős volt és harcokban jól képzett, így a küzdelem sokáig tartott. Miután sikeresen megkötözte, Néreusz különböző állatokká változott át annak érdekében, hogy megmeneküljön. Azonban ez is hasztalan maradt, így el kellett árulnia  az útvonalat: -A világ szélén,  ahol Atlasz titán az eget a vállán tartja, létezik egy kert tele aranyalmákat termő fákkal a heszperidáknak nevezett nimfák védelme alatt. De él itt egy Ladón nevű szörny is, aki sosem alszik. Viszont  a pontos utat én sem ismerem, azt csak egyvalaki tudja és ő most apád akarata szerint meg van kötözve a Kaukázus legmagasabb hegyén, az Elbruszon. Héraklész ezt hallva így felelt: -Prométheusz feláldozta magát az emberekért önzetlenül, ezért nagyra becsülöm. Igazságtalanul lett megbüntetve amiatt, mert apám elítélte, ezért ki fogom szabadítani őt, ha tudom! Prométheusz valójában Héphaisztosz istentől tanulta meg a tűz felélesztésének titkát, amelyet egy édeskömény szárában sikerült levinnie az emberek közé, és megtanítania nekik, hogyan használják.

Hosszú volt az út kelet felé, átkelt idegen földeken és tengereken. Ezalatt küzdött meg az Anteusz nevű óriással, aki Gaia védelmét élvezte. Ezért amikor lába hozzáért a földhöz, mindig új erőt kapott onnan. De Héraklész rájött erre, mert amikor felemelte és az óriás nem érintkezett a talajjal, az gyenge maradt. Ennek értelmében a levegőben kellett addig szorítania, amíg elpusztult. Prométheuszt valóban úgy találta, ahogyan Néreusz elmondta neki. Egy szeggel a mellkasában  láncolták a sziklákhoz, testén láncok. Egy sas repült arra minden nap, amely csőrével kitépte a máját és megette, ennek ellenére az mindig újjáéledt testében. Amikor a sas aznap is felbukkant, Héraklész lenyilazta azt a hidra vérébe mártott egyik nyíllal. Erős vihar és szél keletkezett Zeusz haragját jelezve. Prométheusz megpróbált kiszabadulni, de nem tudta eltépni láncait. De Alkméné fia a szikla sarkához támasztotta a lábát, és amikor meghúzta a láncokat, azonnal eltörte azokat. Ezután kihúzta a vastag és hosszú rézszeget annak a mellkasából, aki az emberekért szenvedett.  A vihar ekkor felerősödött. Az ég megnyílt, villámok hulltak mindenhová, a jégeső hullámai tojásnyi kövekkel sújtották a hősöket. A magas hegy is megingott,  mintha egy tutaj lenne, amit a hullámok dobálnak az óceánon. Héraklész ennek ellenére nem változtatta meg döntését, Prométheuszt a vállára támasztva felemelte a földről. Héra ezalatt folyamatosan biztatta férjét, hogy itt az ideje elpusztítania fiát, mivel ő megszegi parancsolatait és kigúnyolja ezáltal minden isten előtt.  Athéné viszont megnyugtatta és emlékeztette arra, hogy  Uránusz próféciája értelmében Gaia fiai, a vad óriások újra feltámadhatnak, hogy harcoljanak ellene és az istenek ellen. A jóslat értelmében csak akkor sikerül majd győzniük, ha Héraklész is közöttük lesz.  Zeusz végül  megbocsátott Prométheusznak azzal a feltétellel, hogy bilincset fog  viselni ezentúl, egy olyan gyűrűt, amelyet a Kaukázus hegyén őt fogva tartó láncokból készítenek emlékeztetőként a múltbeli tévedéseire. Prométheusz részletesen ismertette az utat a Heszperidák kertje felé, majd egy szigetre ment a világ végén. A jóslat hamarosan valóra is vált, az óriások kiszabadultak börtönükből és az istenek ellen készülődtek. Héraklész segítségével végül az utóbbiak győztek, az óriások visszakerültek a Tartaroszba.

A Heszperidák kertjébe érkezvén Héraklész látta azt, amint Atlasz a vállán hordja az eget. Megígérte neki, hogy kaphat az aranyalmákból, ha addig amíg leszedi, átveszi terhét, habár az nehéz. Héraklész biztosította őt arról, hogy elbírja. Viszont az nehezebb volt, mint gondolta.  Atlasz ezután elment, leszedett néhány aranyalmát, közben azon gondolkodott, hogy nem szeretné visszakapni terhét. Héraklész ezt válaszolta: -Amint látod, nem fogom elbírni az eget, mert az én erőmet valójában a nemeai oroszlán bundája adja. Ha itt meghalok, te kell átvedd a terhet ismét. Atlasz nem habozott sokáig, feltette Héraklész vállára a szőrmét, de közben egy pillanatra meg kellett tartania az eget, amely innentől kezdve az ő terhe maradt. Az aranyalmákat elvitte Mükénébe, ahol Eurüsztheusz királynak nem volt más választása, mint kijelenteni azt, hogy Héraklész teljesítette feladatait, és ennek értelmében szabadon elhagyhatja Mükénét. Hérától azonban még nem szabadult meg, ő ezentúl is üldözte és szenvedéseket okozott neki. Egy gonosz király legyőzése után ismerte meg Deianeira-t, aki a felesége lett. Ő viszont tetszett egy Nessos nevű kentaurnak is, ezért el akarta rabolni őt. Ismert volt, hogy Nessus egy széles folyónál segített az utazóknak abban, hogy azok át tudjanak kelni rajta. Amikor Deianeira-t vitte át, a túlparton nem engedte el őt, befutott vele a közeli erdőbe. Héraklész meghallotta kiáltásait, majd átúszott a folyón. Elővette íját és megcélozta vele a kentaurt, amely rögtön elterült, amint testébe behatolt  a hidra vére. Héra tanácsára Nessos halála óráján az összes vért egy cserépedénybe gyűjtötte, majd Deianeira-nak adta. Elhitette vele, hogy vére segít neki akkor, ha férje hűtlenné válik, viszont ez csak akkor fog hatni, ha titokban tartja. Deianeira gyermeket szült hamarosan, akinek neve Hülosz lett. Héra azonban arra gondolt, hogy ismét véghez viszi azt, ami korábban sikerült neki és az egyik fúria segítségét kérte, hogy tegye őrültté Zeusz fiát. Héraklész ezúttal Ifiklészt, a testvérét ölte meg elvarázsolt állapotban, a törvények szerint pedig rabszolga kellett legyen ismét. Lüdia királynője, Omfalé vette meg őt. Ő viszont nem férfihoz illő feladatokat adott neki Eurüsztheusz-szal ellentétben, hanem női munkákat kellett elvégezzen palotájában. Azonban a sors úgy hozta, hogy Omfalé-nek igénybe kellett vennie őt abban, hogy megtisztítsa országát a szörnyektől és gonosztevőktől. Az egy évig tartó rabszolgaság ideje alatt Omfalé beleszeretett Héraklészbe és házasságra kényszerítette, valamint felszabadította a rabszolgaság alól is és elengedte őt az argonautákkal, akik az aranygyapjút indultak megszerezni. Ekkor azonban Héraklész lemaradt az út során. Miután lejárt fogságának ideje, Héraklész hazatért. Deianeira megtudta azt, hogy Omfalé királynővel élt együtt és azalatt megcsalta őt, mivel gyerekek is születtek házasságukból. Visszaemlékezett Nessos szavaira, hogy az ő vére ellenszer hűtlenség esetén. Egy ruhadarabot bekent a kentaur vérével, majd ráadta azt férjére. A vér mérgezett volt, a ruhadadarab pedig egyre jobban rátapadt testére. Héraklész tudva azt, hogy meg fog halni, arra kérte embereit, hogy készítsék elő számára a máglyát az Aeta hegyen. Deianeira  fájdalmában szívrohamot kapott és meghalt, miközben Héraklész testébe egyre jobban kezdett behatolni a méreg. Zeusz ezt látva úgy döntött cselekedni fog. A máglya helyszínén  az ég megnyílt és villámlott, ahonnan egy aranyból készült szekér szállt alá, benne Hermész, Athéné és Niké, a győzelem istennője. Hermész és Athéné pedig azonnal felemelte maguk közé a hőst. Elvitték az Olümposzra, amelynek kapuinál apja, Zeusz már várta őt. Héra büntetése az lett, hogy Héraklész feleségül vette lányát, Hebe-t, aki a fiatalság istennője volt. Tőle két gyereke született. Héraklész így az istenek között élt tovább, ott fogant gyermekei viszont a földön maradtak, akiket Eurüsztheusz király el akart pusztítani, ezért háborút indított. Hülosz azonban megölte őt, majd fejét elvitte nagyanyjának, Alkméné-nek, aki kiszúrta a király szemét, megtorolva  a fia ellen elkövetett bűnöket.