A Hagia Sophia tele van titkokkal, amelyeket meg kell fejteni. Valószínűleg még mindig sok olyan legenda él, amelyek még mindig  ismeretlenek számunkra. Ebből a szempontból ez az épület lehet Justinianus legnagyobb ajándéka az emberiség számára.

Alagutak

Justinianus császárnak álmában egy Sugárzó férfi nevezetű angyal állítólag elmondta  az épület felépítésének tervét. A templomnak jelenlegi tudásunk szerint összesen 361 ajtaja van, közülük százegy  szimbólumokkal borított. Minden alkalommal, amikor megszámolják az ajtókat újakat fedeznek fel. A császár parancsára a templomot és a császári palotát földalatti alagutak hálózatával kötötték össze, amelyeket nemrég fel is fedeztek.  Emiatt az omlásveszély elkerülése érdekében a Hagia Sophia erős cölöpökön nyugszik. G. de Clavijo spanyol nagykövet szerint:  A Hagia Sophia temploma alatt volt egy nagyon nagy ciszterna a föld alatt. Akkora volt, hogy állítólag tíz hajó is elfért benne. A kutatók alagutakat találtak később, amelyek a Hagia Sophia alatt jöttek ki a felszínre. Gulensoy csapata három szakaszban végzett merüléseket: 1988-ban, 2009-ben és 2013-ban. A földalatti helyszínekről szóló legendák egy része beigazolódott, ugyanis katakombákat és földalatti kriptákat találtak, amelyekben a holttesteket polcokra helyezték.  Az egyik legenda  földalatti kripta létezéséről  is ír. Talán ezt bizonyította a főbejárat melletti kút feltárása, amely tizenkettő méter mély volt. Az aljzaton a búvárok két vastag fadarabot vettek észre, amelyek egy lapát és egy vödör szárához hasonlítottak,  de első érintésre összeroppantak. Aztán a búvárok lemerültek egy másik kútba is, amely közel volt az épület közepéhez. Ennek alján egy nagy lámpa töredékeit találták meg. Végül két zárt ajtót láttak a falban, de azokat nem tudták kinyitni annak ellenére, hogy ötven percig tartózkodhattak a víz alatt. Nem zárható ki az sem, hogy azok a  ciszternák, amelyekről az utazók beszélnek valójában az ajtók mögött vannak. 

Furcsa oszlopok

Az épület nevezetességei közé tartozik a Gergely-oszlop  vagy Síró oszlop, amelyet rézzel borítottak be. Az a hiedelem járja, hogy ha hüvelykujjunkat beledugjuk egy lyukba, amely az oszlop közepén van , kívánságunk valóra válik. A híres utazó, Evliya Celebi azt írta, hogy a Hagia Sophia mecsetté alakításakor Mohamed próféta nyálát, Mekkából származó földet és a Zamzam-forrás vizét adták a habarcshoz az oszlop közelében, ezután az oszlop izzadni kezdett. Egy másik legenda szerint a templom mecsetté való átépítése során rés jelent meg a kupolában. Szent Illés (Khyzir)  az oszlophoz kapaszkodva helyrehozta a hibát, de az oszlopon egy lyuk keletkezett ott, ahol ő megfogta. Mások szerint a lyuk Mária szeme (Meryem Ana), ugyanis néhányan azt hitték, hogy az oszlop Máriának, Jézus anyjának otthonában volt. Mária sírni kezdett,  könnyei az oszlopra hullottak és egy állandóan nedves lyukat vájtak  ki a kőben. Ez a  történet jó példa arra, hogyan változhat egy legenda az évszázadok során.

Egy másik oszlopon néhány kézlenyomat látható. Ezek eredete ismeretlen, de a hírek szerint a Qaf-hegyről ( az ősi muzulmán hagyományokban a Föld legtávolabbi pontjaként elhíresült mitológiai hegy) az oszlopot elhozó óriásé lehet. Általában a kézi lenyomatok az egyik legősibb talizmánok is egyben. Évszázadokon keresztül az emberek azt hitték, hogy védő erejük van a rossz mágiával és a gonosz szellemekkel szemben. A kézi figurák első példányait szintén Törökországban, Çatalhöyük-ben és Hacilar-ban, az anatóliai neolitikus településeknél találták meg.

Amikor a törökök bevonultak a városba, sok ember ment be a Hagia Sophia-ba. Legtöbbjüket megölték, így egy halom holttest keletkezett. Amikor Mohamed szultán megpróbált bejutni a templomba, lova megbotlott a holttestekben. A ló patája véres nyomot hagyott az oszlop tetején, amely a mai napig megmaradt.

Elsüllyedt kincsek

A hódítás napján,mielőtt II. Mohamed elfoglalta Konstantinápolyt, Konstantinos császár elrendelte a Szent Asztal és az összes ereklye elszállítását a városból. Három hajó indult megpakolva Agia Sophia ereklyéivel, de az egyik valahol a Márvány-tenger közelében elsüllyedt. Amióta az oltár elmerült, a víz mindig nyugodt az időjárási körülményektől függetlenül. A tengerészek pontosan tudják, hol van ez a hely. Sok modern török ​​tudós többször is kísérletet tett ennek a furcsa jelenségnek a felfedezésére.

A márványkirály

Justinianus olyan épületet akart létrehozni, amelyhez hasonló a világon nincs, ezért körlevelet küldött minden tartományi kormányzónak, hogy küldjék el a legszebb márványokat a Bizánci Birodalom leghíresebb kőbányáiból. De ezek a golyók nem csak külső megjelenésükkel tűntek ki. A legenda szerint a Hagia Sophia golyói a jövőt és főleg a nagyobb katasztrófákat jósolták meg. Az emberek később  nem hitték el, hogy a Hagia Sophia-t meghódították, ezért azt terjesztették, hogy a király a templom egyik oszlopa mögé bújt, elveszett a folyosókon. Az órákig tartó várakozás márvánnyá változtatta őket. A tény az, hogy  Konstantinápoly utolsó császárának holttestét soha nem találták meg. Azt hitték, hogy az Úr angyala elrejtette testét. Halála a Római Birodalom végét jelentette.

Furcsa jelenségek

Furcsa jelenséget produkál itt a Hideg ablak: innen a  legmelegebb napon is hűvös szellő fújdogál. Ebből az ablakból nyílik kilátás a Kék mecsetre. Ugyancsak itt, a második emeleten van a híres velencei dózsa, Enrico Dandolo sírja, aki a keresztes lovagok vezetésével vált híressé Konstantinápoly lerohanásakor. Az épületben temették el, de sírja üres, ugyanis Isztambul 1453-as elfoglalása után II. Mohamed Fatih szultán elrendelte, hogy a  dózse maradványait dobják a kutyáknak.  A Hagia Sophia is megsínylette a háborút, ugyanis a keresztesek ellopták és elvitték  magukkal az egyik legfőbb keresztény ereklyét, a torinói lepelt. 

A mecset őrzője

Egy másik figyelemre méltó látványosság a Vidám macska. Ez az állat a Hagia Sophia őrzője is egyben, valamint Isztambul leghíresebb macskája. Leggyakrabban csak ül vagy sétál. Több ember szerint Justinianus szelleme testesült meg benne.

A falban élő pap

Egy másik rejtély az épület jobb oldalán lévő fülke, amelynek falából gyenge zaj hallatszik. A legenda szerint amikor a török ​​csapatok betörtek Konstantinápolyba, ezer hívő menekült be a templomba. Amikor az oszmánok betörtek a templomba is, a pap tovább olvasta az imát. Mielőtt az egyik török  átszúrta volna kardjával az öreget, hirtelen kinyílt a fülke fala. Állítólag a  pap még mindig imát olvas ott egészen addig, amíg a Hagia Sophia újra keresztény templom lesz. Ezután kijön a falból és folytatni fogja az istentiszteletet.